房屋设有抵押权在征收时会先让抵押人与抵押权人就所担保的债权处理问题进行协商。抵押人与抵押权人达成书面协议的，房屋征收部门应当按照协议对被征收人给予补偿。达不成协议，房屋征收部门对被征收人实行货币补偿的，应当将补偿款向公证机关办理提存；对被征收人实行房屋产权调换的，抵押权人可以变更抵押物。
【法律依据】
根据2021年1月1日生效的《民法典》第三百九十九条
下列财产不得抵押：
（一）土地所有权；
（二）宅基地、自留地、自留山等集体所有土地的使用权，但是法律规定可以抵押的除外；
（三）学校、幼儿园、医疗机构等为公益目的成立的非营利法人的教育设施、医疗卫生设施和其他公益设施；
（四）所有权、使用权不明或者有争议的财产；
（五）依法被查封、扣押、监管的财产；
（六）法律、行规规定不得抵押的其他财产。
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